Наукову частину Інституту нейрохірургії створено в 1950 р. Наукова частина здійснює загальне керівництво науковою діяльністю Інституту. Організовує підготовку пропозицій за новими конкурсними напрямками, що оголошують пізні державні відомства (НАМН України, МОЗ України, МОН України та ін.), координує розроблення тематичних планів НДР і контролює вчасне та якісне їх виконання, готує зведені звіти про діяльність Інституту. Організовує роботу з координації та творчого співробітництва з іншими науковими закладами України та за кордоном. У визначених законодавством межах організовує проведення міжнародної наукової та науково-дослідної діяльності.
Наукова частина планує роботу вченої ради та контролює виконання прийнятих нею рішень, організує проведення внутрішньоінститутських конференцій, семінарів, проблемних наукових обговорень, тощо.