Науково-організаційний відділ створено в 1950 році. Організаційно-методичну роботу було спрямовано, насамперед на формування розвитку нейрохірургічних закладів України, підготовку висококваліфікованих кадрів, забезпечення нейрохірургічної допомоги значному контингенту хворих з наслідками травми, отриманої в роки Великої Вітчизняної війни.
За безпосередньою участю відділу систематично проводяться з’їзди, науково-практичні конференції з міжнародною участю, тематичні семінари, робочі наради.
Налагоджене ефективне впровадження найважливіших результатів наукових розробок Інституту: видаються тематичні наукові збірники, методичні рекомендації та інформаційні листи. Проводиться опрацювання щорічних звітів.
За результатами наукових розробок співробітники Інституту опублікували більше 7 тисяч наукових робіт, 178 монографій та підручників, 85 методичних рекомендацій, отримали 614 авторських свідоцтв і патентів. В інформаційному бюлетені НАМН України опубліковано 178 нововведень, розроблено та зареєстровано 65 нових технологій, розроблено 89 уніфікованих клінічних протоколів та 6 клінічних настанов.