З моменту заснування Інституту нейрохірургії працює вчена рада, до складу якої входять керівники підрозділів, завідувачі кафедр та вчені. Вчена рада вирішує найголовніші питання життєдіяльності Інституту та підготовки кадрів.
Компетенції вченої ради:
— визначення стратегій розвитку Інституту та перспективних напрямів наукової діяльності;
— проведення наукового оцінювання тематики та результатів науково-дослідних робіт;
— затвердження щорічних планів наукових досліджень та розробок;
— удосконалення та розвиток структури Інституту;
— затвердження тем дисертаційних робіт;
— затвердження результатів атестації;
— затвердження результатів конкурсу на вакантні посади;
— висування наукових праць на присудження премій, медалей та інших відзнак;
— присвоєння вчених звань;
— затвердження річних звітів.